LAMMPS即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，由美国Sandia国家实验室开发，以GPL license发布，即开放源代码且可以免费获取使用。

官网：https://www.lammps.org/

该款软件是材料科研领域中比较普遍使用的分子动力学软件。除此之外，以下部分软件也可以在分子动力学模拟过程中提供辅助功能。

Avogadro-分子编辑软件

Avogadro是一款先进的分子编辑器和可视化工具，专为计算化学、分子建模、生物信息学、材料科学及相关领域的跨平台使用而设计。它提供灵活的高质量渲染和强大的插件架构。

官网：https://avogadro.cc/

Ovito-原子显示工具

OVITO 是一款专业实用、功能强大的原子分子可视化及分析软件。LAMMPS 的 dump 构型、VASP 的 POSCAR， XDATCAR 等构型均可由 OVITO 查看和编辑。
官网 http://ovito.org

Packmol-组装建模

packmol是一款用于构建分子模型的软件工具。

官网：https://m3g.github.io/packmol/

VMD-分子结构显示及后处理软件

Visual Molecular Dynamics是一个分子建模和可视化计算机程序。VMD主要是作为查看和分析分子动力学模拟结果的工具开发的。它还包括用于处理体积数据、序列数据和任意图形对象的工具。

官网：http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/

VESTA-分子结构显示

VESTA是一个用于结构模型、电子/核密度等体积数据和晶体形态的三维可视化程序。

官网：http://www.jp-minerals.org/vesta/en/

上述软件均可以在其官网上下载，如需要安装包，可以联系客服微信cailiaoren010。