大家在使用Lammp计算过程中,比较常用的监控系统实时运行状态方法一般都是通过查看终端或log文件中输出的一些热力学信息。
而这样的监控方式往往不够直观,不能实时观察到体系原子的运动和构型状态。
今天教大家结合Ovito软件,对任意模拟过程实现实时观测Lammps模拟动态过程。
## 难度系数:*
## 适用学员:所有学员
## 操作步骤如下:
- 1. 下载附件中案例文件`Example-20201217-Lammp-Ovito-unit.7z`,下载后解压,进入文件夹。
Example-20201217-Lammp-Ovito-unit.7z
- 2. 在终端中执行命令`lammps_serial.exe -in lmp_y.in`,开始Lammps运行
此时会出现提示:
`Waiting for IMD connection on port 12321. Transfer rate 1.`
- 3. 打开`Ovito`软件,将文件夹`Example-20201217-Lammp-Ovito-unit`中`lmp.data`文件直接拖入`Ovito`中打开,旋转视角至俯视视角,便于观测模拟拉伸过程
- 4. 在`Ovito`软件中打开`imd`功能
- 5. 设置`imd`端口号(必须与`in`文件内端口号一致,此处为`12321`),进行连接
如果弹出下图对话框,点击允许即可
- 6. 连接成功,Lammps模拟开始,并且在Ovito中同步输出动态构型变化过程。
## 涉及命令
fix comm all imd 12321
# 参考网页
https://lammps.sandia.gov/doc/fix_imd.html
注:该imd功能在VMD软件中亦可实现,但是在Ovito中使用更便捷,故只介绍在Ovito中的使用方法,感兴趣的学员可以自行在VMD软件中尝试实现相同功能。
## 实践任务
- 使用VMD软件替换Ovito实现本文中实时监测模拟运动过程。